هدف و غایت پرداختن به فلسفه تطبیقی برای ما مسلمانان، حضور پویا و توانمند در اندیشه ورزی عقلانی معاصر و خودباوری نسل گسیخته از گذشته طلایی خود، در این عرصه است. علاوه بر این گشودن افق های جدیدی از عقلانیت و معنویت به روی متفکران غربی،همراه با دستیابی به عرصه وسیعی از اندیشه ورزان مشتاق یادگیری سنّت های فرهنگی بشری از طریقی جز ساحت اقتصاد و سیاست را نیز می توان از اهداف فلسفه تطبیقی دانست.
فلسفه تطبیقی نه بیان تاریخی نظریات فلسفی است، و نه مقصود ردّ و نقض نظریه های مغایر با فلسفه اسلامی است و نه بیان مشابهت ها میان این دو سنّت عقلی و نه ارائه مسائل بین رشته ای یا حتی میان فرهنگی است، هر یک از این امور در جای خود بایستگی و شایستگی مناسب خود را داراست ولی این ها فلسفه تطبیقی نیست، فلسفه تطبیقی به سادگی همان فلسفه است یعنی کوشش عقلی برای حلّ مسائل بنیادین اندیشه بشر پیرامون وجود و موجود و انسان و ما قبل وی و ما بعد وی، قید تطبیقی فقط به معنای ورود رقیب جدیدی برای هر یک از دو سنّت فلسفی غربی و شرقی، برای حلّ مسائل مشترک به کمک یکدیگر است که البته چه بسا بسیار، مانند همه جای فلسفه، توام با نقض و ابرام است، حاصل چنین تلاشی صدالبته روشنی بخشی به معضلاتی است که بدون این همکاری همواره به تعبیر ارسطو، «آپوریا» و دشواری فلسفی باقی خواهد ماند.
«فلسفه تطبیقی» نشریه ای است کاملا علمی، آکادمیک و مستقل از هر گونه سوگیری غیر عقلانی که بعد از اتّکاء به فضل و عنایت الهی، توفیق خود را در گرو عنایت اصحاب اندیشه مستقل و طالبان حکمت و معنویت می داند.انگیزه انتشار نشریه (به خصوص در صورت وجود نشریات مشابه): انگیزه انتشار مجله فلسفه تطبیقی تلاش برای ورود به صحنه جهانی فلسفه از طریق بررسی مسائل مشترک میان دو جریان فلسفی غربی و اسلامی است که جز با تاسیس پایگاهی در فضای رسانه های معرفت محور برای هم افزایی هر چه بیشتر آراء اندیشمندان مسلمان و آشنایان به نظامات معرفتی غربی در قالب یک نشریه عقل محور با عنوان «فلسفه تطبیقی» تحقق نمی یابد